자연 현상을 탐구하여 그 기본적 원리를 밝힐 뿐만 아니라 응용 과학의 기초 이론을 확립하는 연구를 활성화시키고 지원하기 위하여 1979년에 설립되었다. 현재 수리과학(수학, 통계), 물리과학(물리, 화학), 생명과학 (생명, 해양) 등 3개 연구부가 설치, 운영되고 있으며, 교수 급 연구원 69명, 박사 후 연구원(Post-Doc) 9명, 일반 연구원 8명 등 86명의 연구원이 약 100여 명에 이르는 대학원생 연구조원과 함께 연구에 정진하고 있다. 레이저 및 박막과학, 이론고체물리학, 이론화학, 계통분류학, 응용수학, 해양지질학 등 6개 분양가 교육부 학술연구조성비 지원 사업에 참여하여 기초 과학 거점연구소로서 꾸준히 특성화 연구를 수행하고 있다.
이 외에도 한국과학재단, 국방과학연구소, 원자력연구소 등의 공공 기관 및 국내 유수의 대기업 등 민간 기관으로부터 많은 연구 과제를 위탁 받아 수탁 과제에 대한 연구를 수행하는 등 다양한 기초 및 응용 연구 활동을 전개하고 있다. 1996년도부터는 교육부의 기자재 첨단화 사업 대상 연구소로 지정되어 교육부의 지원과 대학 본부의 지원을 더하여 연차적으로 새로운 연구 장비의 확보로서 연구 및 교육 환경의 개선을 추진하고 있다. 1995년도부터는 병역 특례 연구 기관으로 지정되어 전문 연구 요원의 교육 및 연구에도 이바지하고 있다. 기초 과학 분야의 학술 교류, 정보 교환, 연구 결과의 심사, 분석 등을 위한 기초과학연구소 주최 정기 심포지엄, 세미나, 워크숍 등이 계획되어 계속적인 학술행사로 이어지고 있다.
이 외에도 한국과학재단, 국방과학연구소, 원자력연구소 등의 공공 기관 및 국내 유수의 대기업 등 민간 기관으로부터 많은 연구 과제를 위탁 받아 수탁 과제에 대한 연구를 수행하는 등 다양한 기초 및 응용 연구 활동을 전개하고 있다. 1996년도부터는 교육부의 기자재 첨단화 사업 대상 연구소로 지정되어 교육부의 지원과 대학 본부의 지원을 더하여 연차적으로 새로운 연구 장비의 확보로서 연구 및 교육 환경의 개선을 추진하고 있다. 1995년도부터는 병역 특례 연구 기관으로 지정되어 전문 연구 요원의 교육 및 연구에도 이바지하고 있다. 기초 과학 분야의 학술 교류, 정보 교환, 연구 결과의 심사, 분석 등을 위한 기초과학연구소 주최 정기 심포지엄, 세미나, 워크숍 등이 계획되어 계속적인 학술행사로 이어지고 있다.